2026年以降のインボイス制度|札幌で税理士・公認会計士に相談ご希望の方は熊谷亘泰事務所へ！

2023年(令和５年)10月に消費税インボイス制度が開始されて２年半が経ちました。２０２６年(令和８年)３月31日に可決成立した令和８年税制改正法では、インボイス制度についてもいくつかの改正事項がありました。また、４月にはインボイスQ&Aの改訂版が国税庁から公表されました。今回は令和８年度税制改正で変更となった点を中心に、今回の改訂版でインボイスQ&Aに登場した論点の中から重要なものを取り上げます。
 

2023年(令和５年)10月の消費税インボイス制度開始にあたって、適格請求書に該当しない仕入書類（請求書、領収書、レシート等）だった場合に仕入に関する消費税を控除できないとなると、導入初期の十分にインボイス制度への対応ができていない中では消費税負担が一気に増加することが予想されたため、適格請求書に該当しない仕入書類だったとしても仕入等に含まれる消費税相当額のうち一定割合について当分の間消費税申告の際に控除できる経過措置が設けられました。
2023年(令和５年)10月の消費税インボイス制度開始当初は、2023年(令和５年)10月から2026年(令和８年)９月までの３年間は消費税相当額のうち８割(80％)を控除可能とし、2026年(令和８年)10月から2029年(令和11年)９月までの3年間は消費税相当額のうち５割(50％)控除可能とする経過措置となっていました。
しかしながら、近年の物価高騰やインボイス制度対応の進捗状況に鑑み、令和８年税制改正で以下の通り経過期間の延長と控除可能割合の引き上げが行われました。

• 2026年(令和８年)10月から2028年(令和10年)９月まで：仕入消費税相当額の７割(70％)
• 2028年(令和10年)10月から2030年(令和12年)９月まで：仕入消費税相当額の５割(50％)
• 2030年(令和12年)10月から2031年(令和13年)９月まで：仕入消費税相当額の３割(30％)

この経過措置が適用となる仕入書類は税率ごとの消費税が明確であることが要件となっています。なお、基準期間（原則として２事業年度前）の消費税課税対象となる売上高が１億円未満の事業者が適用できる税込１万円未満の仕入や経費取引に対する適格請求書不要で消費税相当額全額を控除できる特例は今回の税制改正でも変更はなく2029年(令和11年)９月までですのでご注意ください。
 

2023年(令和５年)10月の消費税インボイス制度開始にあたっては、これまで基準期間（原則として２事業年度前）の消費税課税対象となる売上高が1,000万円以下だったため消費税の納税義務がなかった事業者（免税事業者）もインボイス制度対応で適格請求書発行事業者となると課税事業者として消費税を納税する義務が生じることから、フリーランサーやアーティストを中心に急激な増税を懸念する声があがりました。
そこで、基準期間の消費税課税対象となる売上高が1,000万円以下の事業者が適格請求書発行事業者になった場合には、計算が簡便でかつ納税負担が軽減される２割特例(消費税納税額を課税売上高の２割(20％)とすることができる特例）が導入され、2026年(令和８年)９月30日の属する事業年度まで適用できることになっていました。
しかしながら、特にフリーランサーなどの個人事業者を中心に２割特例終了に伴う消費税負担の急激な増加による事業継続不安の声が依然としてあることから、令和８年税制改正で個人事業者に限り2027年度(令和９年度)と2028年度(令和10年度)について消費税納税額を課税売上高の３割(30％)とすることができる「３割特例」が導入されることになりました。
３割特例は個人事業者に限られた特例のため、法人は改正前と同様に2026年(令和８年)９月30日の属する事業年度をもって特例措置が終了し、基準期間の消費税課税対象となる売上高が1,000万円超の者と同様の原則通りの消費税額計算になります。また、個人事業者であっても2027年及び2028年において基準期間(それぞれ2025年と2026年)の消費税課税対象となる売上高または前年度(それぞれ2026年と2027年)の１月～6がつの消費税課税対象となる売上高が1,000万円超となった場合や日本国内に事業拠点がない個人事業者は、３割特例は適用できず原則通りの消費税額計算となりますのでご注意ください。

輸入品についての消費税は原則として保税地域から引き取った時点で輸入者が直接税関に消費税を納付しますが、輸入手続の煩雑さ回避の観点から引き取り時の課税貨物の合計額が１万円以内の場合消費税の直接納付が免除されています。
しかしながら、近年ではECサイトの発達で海外業者から輸入する形での少額な物品購入が増加し本来ならば日本国内消費に充当される物品購入に課税されるべき消費税が多額に免除されている状況になっています。そこで、令和８年度税制改正により2028年(令和10年)４月１日以後の譲渡から、通信販売の方法で海外から税抜１万円以内の物品を日本へ輸出する事業者は国内国外を問わず、販売先の輸入者が保税地域から引き取った時点で消費税の課税対象となり申告納税をしなければならないことになりました。
この課税制度の導入に合わせて「特定少額資産販売事業者」登録制度が創設され、通信販売の方法で海外から税抜１万円以内の物品を日本へ輸出する事業者が登録できます。この特定少額資産販売事業者に登録されると輸入者が通信販売の方法で海外から輸入した税抜１万円以内の物品を保税地域から引き取る際に提出する輸入申告書に登録業者の登録番号と税抜１万円以内の物品の輸入に該当する旨を記載することで引き続き消費税の直接納付が免除されます。言い換えますと、輸入申告書に登録業者の登録番号と税抜１万円以内の物品の輸入に該当する旨がない場合有乳業者は税関に消費税の直接納付が必要になるということです。特定少額資産販売事業者登録制度は2027年(令和９年)10月１日から登録開始となり、登録されると2028年(令和10年)４月１日から自動的に消費税課税事業者となります。
なお、amazonなどECプラットフォーム経由で税抜１万円以内の物品を輸出する取引の場合は、こちらも令和８年度税制改正により2028年(令和10年)４月１日以後の譲渡からECプラットフォーム業者が実際の販売業者に代わって消費税を日本国内の購入者から徴収し税務署に納税する制度が導入されるため、特定少額資産販売事業者自身が消費税の申告と納税を行う必要はありません。
 

インボイス制度において古物や再生資源の仕入については個人を含む不特定多数の仕入先があることから、古物商や再生資源業者登録があることを条件に仕入先が適格請求書発行事業者でない限りインボイス制度適格の納品書等（適格請求書）が無くても帳簿に仕入の記録を保存するのみで仕入に含まれる消費税額を申告時に控除することができます。
しかしながら、近年金くず（スクラップ）の取引価格上昇に伴い金くず特に太陽光発電施設からの銅線の盗難と盗難品の売却被害が多発しています。そこで2025年(令和７年)６月に金属盗対策法が可決成立し、銅など特に盗難対策が必要な金属の金くずを「特定金くず」に指定して特手金くずを仕入れる業者に特定金属くず買受業の届出と買受時の本人確認、取引記録の作成などを義務付けました。
この金属盗対策法成立を受けて、インボイス制度での運用も特定金くずの仕入については古物及び再生資源特例の対象から除外し、届出済み特定金属くず買受業者が金属盗対策法に基づく買受時の本人確認及び取引記録の作成を条件に適格請求書発行事業者でない者からの特定金くずの仕入についてインボイス制度適格の納品書等（適格請求書）が無くても帳簿に仕入の記録を保存するのみで仕入に含まれる消費税額を申告時に控除することができる形に変更されます。この変更により、盗難品の売却及び仕入を買取り手続厳格化だけでなく買取業者の消費税免税メリット排除の形で未然に防ぎ、金くず盗難防止対策を担保する形になります。
金属盗対策法の施行は2026年(令和８年)中とされ、当該特定金くず仕入特例も金属盗対策法施行日から適用とされていますが、ブログ更新時点では施行日は未定となっています。
 

ここでは令和８年度税制改正とは関係ありませんが、インボイスQ＆Aに新たに追加された事項を１つ取り上げます。インボイス対応の必要性が薄れた等の理由でいったん適格請求書発行事業者の登録を取りやめたものの再度適格請求書発行事業者になる場合の取り扱いについてです。
一度「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書」を提出すると翌年（法人の場合翌事業年度）から適格請求書発行事業者でなくなりますが、翌年改めて適格請求書発行事業者となる場合は取消しは遡って無効にはならず、改めて登録希望日の15日前に「適格請求書発行事業者登録申請書」の提出が必要になります。
また、適格請求書発行事業者の登録の取消しをした場合、基準期間の課税売上高が1,000万円以下であっても取消し後２年（事業年度）の間は免税事業者に戻ることができません。この課税事業者期間も基準期間の課税売上高が1,000万円以下の期間に再度登録した場合は再登録後自動的に課税事業者となり、再び取りやめた場合は再取止め後２年間は免税事業者に戻ることができませんので注意が必要です。
（インボイスQ&A　Q13-2）
 

今回は令和８年度税制改正の内容を中心に最新のインボイス制度情報を取り上げました。
インボイス制度開始から２年半が経ちましたが、いまだにインボイス制度の意義や消費税の仕組みについて質問を受けることがあります。意義が理解されないまま消費税負担が重くなる、また、事務対応が増えるという不満の声あり、引続き当事務所ではインボイス制度の意義について丁寧に説明いたしますとともに、今後もインボイス制度についてブログでの発信を継続してまいります。